人們對水晶骷髏頭的神秘具有莫大的好奇心。在電影中這些水晶骷髏頭是創造早期人類文明的外星人所留下的。
雖然沒有明顯的證據可以來證明這些猜想，但是在Americas Honduras以及Mexico等地都出現過這種神秘的而水晶骷髏頭的時候，人們再也坐不住了，這難道不是外星人留下的嗎？那又會是誰呢？
帶著這些疑慮研究人員將水晶骷髏頭骨與曾預言過世界末日以及產生過許多文明的瑪雅人和埃及法老所建造的不需要人熱戀街舞就可屹立不倒的金字塔聯繫在一起，為什麼呢？原來啊，這些水晶骷髏頭看起來像是由一塊完整的透明水晶做成，但上面由沒有任何的人工製造痕跡，並且在製作的時候也沒有考慮這塊水晶的受力平衡以及是否會在製作的過程中破碎掉。
就算是目前最先進的工具也是無法製作的。研究人員在研究這塊水晶骷髏頭時還發現，這塊頭骨具有同水晶一樣的分散光的功能，也就是棱鏡作用（中國古人發現一些純度較高的透明晶體具有分散光的作用，他們把這些高純度的透明晶體又稱為“五色石”。）在十三顆水晶骷髏頭中有一顆最有名氣的水晶骷髏頭骨。一九二四年，英國的著名作家F.A. Mitchell-Hedges死後將這塊著名的水晶骷髏頭骨給了自己的繼女Anna Mitchell-Hedges.
據傳，這顆水晶骷髏頭骨在三千六百年前就被人發現了，他的眼睛可以發射出蔚藍色的光，如果將這顆高純度的水晶骷髏頭骨擺在電腦旁邊，可致使計算機系統死機。當然了，這些消息全由水晶骷髏頭的主人所說，並沒有現實依據，這是因為Anna Mitchell-Hedges不允許褻瀆神聖的水晶骷髏頭。
